DNA 농도 계산기

결과

DNA 농도 계산기 사용 방법

1. 1. 시료 종류를 고르세요. dsDNA(플라스미드, PCR 산물, 게놈 DNA), ssDNA, RNA 또는 짧은 올리고뉴클레오타이드입니다. 이에 따라 변환 계수가 정해지며, 나중에는 분자량도 정해집니다.
2. 2. 측정값을 입력하세요. A₂₆₀을 입력하세요. A₂₈₀과 A₂₃₀을 추가하면 순도 비율을 얻을 수 있고, 프로토콜에서 배경값을 빼는 경우 배경 A₃₂₀도 입력하세요. 광로 길이와 희석 배수가 10 mm와 1이 아니라면 설정하세요.
3. 3. 선택 사항: 부피와 길이를 추가하세요. 부피를 입력하면 µg 단위의 총 수율이 나오고, 길이(dsDNA는 bp, 그 외는 nt)를 입력하면 몰농도와 pmol이 추가됩니다.
4. 4. 결과를 읽으세요. 농도, 순도 판정, 전체 풀이가 함께 나타납니다. 흡광도 데이터 없이 DNA 양을 변환하려면 ng ↔ pmol 모드로 바꾸세요.

A260이 농도가 되는 과정

핵산은 260 nm 자외선을 가장 강하게 흡수합니다. 베어-램버트 법칙에 따라 흡광도는 농도에 비례하므로, 하나의 변환 계수로 측정값을 질량 농도로 바꿀 수 있습니다:

계수 ε은 핵산의 종류에 따라 다릅니다. Thermo Fisher의 NanoDrop FAQ는 이 값을 ng·cm/µL 단위로 제시하고, New England Biolabs 기술 노트는 10 mm 광로 기준으로 같은 세 값을 µg/mL로 제시합니다:

이 값들은 일반적인 염기 조성에 대한 평균입니다. 짧은 올리고뉴클레오타이드는 서열에 따라 달라지므로, 제조사가 제공하는 올리고 고유 흡광 계수가 더 정확합니다. 일부 문헌은 ssDNA에 37 µg/mL 같은 다른 값을 제시하기도 합니다. 프로토콜이나 공급업체가 다른 계수를 지정한다면 재정의 입력란을 사용하세요.

순도 비율 읽기

단백질은 280 nm 근처에서 흡수하고, 흔한 오염물질 다수는 230 nm 근처에서 흡수하므로, 두 비율로 튜브 속의 다른 물질을 빠르게 확인할 수 있습니다:

• A₂₆₀/A₂₈₀. 깨끗한 DNA는 약 1.8(완충액에서 NEB는 1.85–1.88로 보고), 깨끗한 RNA는 약 2.0–2.1입니다. 낮으면 단백질이나 페놀을, DNA 준비물에서 높으면 RNA 잔류를 의심하세요. 산성 용액은 낮게, 염기성 용액은 높게 읽히므로 완충액의 pH도 확인하세요.
• A₂₆₀/A₂₃₀. 더 민감한 지표이며, 깨끗한 시료는 보통 2.0–2.4입니다. 구아니딘염, EDTA, 세제, 페놀, 탄수화물이 이 값을 낮춥니다. NEB는 이 비율이 A₂₆₀/A₂₈₀보다 더 크게 달라지므로 주의해서 읽어야 한다고 경고합니다.
• 일반적인 기준. 실제로는 두 비율이 모두 1.8을 넘으면 대부분의 후속 작업에 충분히 깨끗하다고 봅니다.

실제 예시: 플라스미드 미니프렙

5,000 bp 플라스미드를 50 µL에 용출하고 10배로 희석한 뒤 10 mm 큐벳에서 읽었습니다: A₂₆₀ = 0.412, A₂₈₀ = 0.222, A₂₃₀ = 0.18. 계산기의 기본 입력값입니다.

1. 농도: 0.412 × 50 × (10 ÷ 10) × 10 = 206 ng/µL.
2. 순도: 0.412 ÷ 0.222 = 1.86이고, 0.412 ÷ 0.18 = 2.29입니다. 두 값 모두 깨끗한 범위 안에 충분히 들어갑니다.
3. 수율: 206 ng/µL × 50 µL = 10.3 µg, 즉 튜브 안의 DNA 양입니다.
4. 몰농도: 206 × 1,000 ÷ (660 × 5,000) = 0.06242 pmol/µL = 62.42 nM이며, 튜브 안에는 3.121 pmol이 들어 있습니다.

ng과 pmol 사이 변환

클로닝과 라이게이션 조제법은 피코몰(pmol) 단위로 적혀 있지만, 분광광도계는 나노그램(ng)을 줍니다. 변환에는 길이와 염기쌍 또는 뉴클레오타이드당 평균 분자량이 필요합니다:

익숙한 확인값으로, 1,000 bp 절편 1 µg은 1.515 pmol(말단 3.03 pmol)이며, 이는 공급업체가 인용하는 'µg당 킬로염기 1.52 pmol'과 같습니다. 염기쌍당 660 g/mol은 평균값이며, 650을 쓰는 자료도 있는데 그러면 pmol이 약 1.5% 달라집니다. 정확한 올리고 분자량이 필요하면 제조사 값을 사용하세요. 이 양으로 삽입체 대 벡터 비율을 계획하려면 라이게이션 계산기를 사용하세요.

흔한 실수

• 희석 배수를 잊는 것. 큐벳 값은 희석된 시료의 값입니다. 원액 농도를 얻으려면 다시 곱하세요.
• 올리고나 RNA에 dsDNA 계수를 쓰는 것. 차이는 답의 33–50%입니다.
• 선형 범위 밖에서 읽는 것. A₂₆₀은 대략 0.1에서 1.5 사이로 유지하세요. 농도가 높은 시료는 희석한 뒤 다시 읽으세요.
• 모든 것을 흡광도로 믿는 것. 자유 뉴클레오타이드, RNA, 단일 가닥 절편은 모두 260 nm에서 흡수하므로, 조잡한 준비물에서는 흡광도가 온전한 이중 가닥 DNA 양을 과대평가합니다. 이것이 중요하다면 dsDNA에 특이적인 형광 염료가 더 선택적입니다.

자주 묻는 질문

A260에서 DNA 농도는 어떻게 계산하나요?

A260 측정값에 변환 계수를 곱하세요. 이중 가닥 DNA는 50 ng/µL, 단일 가닥 DNA는 33, RNA는 40입니다. 그다음 희석 배수를 곱합니다. 10배로 희석한 dsDNA의 A260 0.412는 0.412 × 50 × 10 = 206 ng/µL입니다. 10 mm가 아닌 광로에서는 10을 광로 길이(mm)로 나눈 값을 곱하세요.

좋은 A260/A280 비율은 무엇인가요?

순수 DNA는 약 1.8, 순수 RNA는 약 2.0입니다. NEB는 완충액에서 깨끗한 dsDNA에 대해 1.85–1.88을, RNA에 대해 약 2.1을 보고합니다. 이보다 뚜렷하게 낮은 비율은 단백질이나 페놀 오염을 시사합니다. 이 비율은 완충액 pH에 따라서도 달라지므로, 합격과 불합격을 가르는 기준이 아니라 참고용 안내로 읽으세요.

A260/A230 비율이 낮으면 무엇을 뜻하나요?

핵산이 아닌 다른 물질이 230 nm에서 흡수하고 있다는 뜻입니다. 흔한 원인은 키트의 구아니딘염, EDTA, 세제, 페놀, 탄수화물 잔류물입니다. 시료를 다시 용출하거나 재침전시키고, 기기를 시료와 같은 완충액으로 블랭크했는지 확인하세요.

ng의 DNA를 pmol로 어떻게 바꾸나요?

나노그램 단위 질량을 분자량으로 나눈 뒤 1,000을 곱하세요. dsDNA의 분자량은 염기쌍당 약 660 g/mol입니다. 3,000 bp 플라스미드 100 ng이라면 100 × 1,000 ÷ (660 × 3,000) = 0.0505 pmol입니다. 위의 변환 모드가 두 방향으로 계산해 줍니다.

ng/µL와 µg/mL는 같은 것인가요?

네. 1 ng/µL는 10⁻⁹ g을 10⁻⁶ L로 나눈 값으로, 10⁻³ g/L 또는 1 µg/mL입니다. 그래서 A260 변환 계수는 흡광도 단위당 50 ng/µL 또는 50 µg/mL로 둘 다 표기됩니다.

NanoDrop 측정값이 Qubit과 다른 이유는 무엇인가요?

흡광도는 260 nm에서 흡수하는 모든 것(RNA, 자유 뉴클레오타이드, 오염물질)을 세는 반면, Qubit 같은 형광 염료 분석은 이중 가닥 DNA에 특이적으로 결합합니다. 조잡한 준비물에서는 흡광도가 보통 더 큰 값입니다. 깨끗하게 정제된 dsDNA에서는 두 값이 거의 일치합니다.

A260이 1.5를 넘는데 그래도 쓸 수 있나요?

시료를 희석해서 다시 읽으세요. 대부분의 분광광도계는 흡광도가 높아지면 선형성을 잃으므로, 1.5를 훨씬 넘는 값은 실제 농도를 과소평가합니다. 희석 배수를 입력하면 계산기가 답을 원액 기준으로 다시 환산합니다.